物流是畅通国民经济循环的重要环节。近年来，物流降本增效积极推进，社会物流成本水平保持稳步下降，但部分领域物流成本高、效率低等问题仍然突出，难以适应建设现代化经济体系、推动高质量发展的要求。
《意见》提出，深化关键环节改革，降低物流制度成本。其中包括，深化铁路市场化改革。选取铁路路网密集、货运需求量大、运输供求矛盾较突出的地区和部分重要铁路货运线路（含疏运体系）开展铁路市场化改革综合试点，通过引入市场竞争机制，开展投融资、规划建设、运营管理、绩效管理、运输组织等改革。进一步放宽市场准入，吸引社会资本参与铁路货运场站、仓储等物流设施建设和运营。
与此同时，公路、铁路、航空、港口等多个领域的减税降费措施也将逐步落地。例如，落实好大宗商品仓储用地城镇土地使用税减半征收等物流减税降费政策；全面推广高速公路差异化收费；鼓励有条件的地方回购经营性普通收费公路收费权，对车辆实行免费通行；精简铁路货运杂费项目；大力推行大宗货物“一口价”运输；降低港口、检验检疫等收费；降低集装箱进出口常规收费水平。
值得一提的是，《意见》还提出，研究制定2021-2025年国家物流枢纽网络建设实施方案，整合优化存量物流基础设施资源，构建“通道+枢纽+网络”的物流运作体系，系统性降低全程运输、仓储等物流成本。鼓励大型物流企业市场化兼并重组，提高综合服务能力和国际竞争力。培育具有较强实力的国际海运企业，推动构建与我国对外贸易规模相适应的国际航运网络。
